Не знаю об Eclipse, но если у вас установлен клиент CVS, вы можете запустить CVS rdiff в командной строке, чтобы получить, например, файлы, зафиксированные между двумя тегами.
Одна вещь, которую я делал некоторое время назад, это использование Ant для такого рода вещей. Вы сами пишете файл скрипта и вызываете его с соответствующими конфигами. Для этого я использовал задачу CvsChangeLog .