Если вы знаете, как получить hwnds окон, для которых вы хотите установить z-порядок, вы можете использовать этот pInvoke:
public stati class WindowsApi
{
[DllImport("user32.dll")]
public static extern bool SetWindowPos(IntPtr hWnd, IntPtr hWndInsertAfter,
int X, int Y, int cx, int cy, uint uFlags);
}
public class WindowZOrderPositioner
{
public void SetZOrder(IntPtr targetHwnd, IntPtr insertAfter)
{
IntPtr nextHwnd = IntPtr.Zero;
WindowsAPI.SetWindowPos(targetHwnd, insertAfter, 0, 0, 0, 0, SetWindowPosFlags.NoMove | SetWindowPosFlags.NoSize | SetWindowPosFlags.NoActivate);
}