Если вы собираетесь создавать не только эту настройку, я бы порекомендовал изучить WiX Toolkit .Это набор инструментов на основе XML, который позволит вам создавать свои MSI с огромным количеством настроек.Размещение нужных вам папок там, где они вам нужны, совсем не проблема.Я думаю, что это может быть то, что вы ищете.Кроме того, ссылка, которую я включил, содержит ссылку на действительно хороший учебник, который поможет вам начать работу.