Разве файл конфигурации не добавлен в ваш установщик? Вы должны быть в состоянии выбрать его, когда будет предложено указать цель ярлыка (диалоговое окно «Выбрать элемент в проекте»). Обратите внимание, что в этом диалоговом окне с запросом сначала необходимо перейти к папке, в которой он находится (например, дважды щелкните «Папка приложения»).
Если файл конфигурации не добавлен, необходимо вручную добавить его в «Папку приложения». Только тогда вы можете создать ярлык к нему.
Обратите внимание, что Visual Studio не поддерживает ярлыки для определенного файла из выходных данных проекта, которые генерируют несколько файлов. В этом случае вы можете попробовать использовать пользовательское действие, которое создает ярлык с помощью пользовательского кода.