Как сделать ссылку во время компиляции Matlab MEX - PullRequest
Новая
       64

Как сделать ссылку во время компиляции Matlab MEX

7 голосов
/ 07 февраля 2011

Я написал программу следующего вида: 

#include "stuff_I_need.h"

int main(){

construct_array(); // uses OpenMP pragma's
print_array();

return(0);


}

, которая компилирует, связывает и выполняет правильно с помощью следующей команды: 

`gcc44 -I/home/matteson/sundials/include/ main.c -lm -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -fopenmp -o /home/matteson/MPI_test/CVODE_test/main_test`

"gcc44" это простоgcc версии 4.4 и назван так, потому что он компилируется в кластере, который поддерживает несколько версий gcc.Библиотеки sundials_cvode и sundials_nvecserial используются при решении нескольких дифференциальных уравнений при построении массива.

Теперь, когда я хочу перейти к Matlab и попытаться скомпилировать мекс-файл вида: 

#include "stuff_I_need.h"

void mexFunction(int nlhs,mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){

construct_array(); // uses OpenMP pragma's
print_array();

}

и попробуйте скомпилировать с помощью следующей команды в Matlab: 

>> mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -I/home/matteson/sundials/include/ -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial" mex_cvode.c

Я получаю следующие сообщения, кульминацией которых является ошибка ссылки: 

    -> mexopts.sh sourced from directory (DIR = $HOME/.matlab/$REL_VERSION)
   FILE = /home/matteson/.matlab/R2010b/mexopts.sh
----------------------------------------------------------------
->    MATLAB                = /misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b
->    CC                    = gcc44
->    CC flags:
         CFLAGS             = -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial
         CDEBUGFLAGS        = -g
         COPTIMFLAGS        = -O -DNDEBUG
         CLIBS              = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    CXX                   = g++
->    CXX flags:
         CXXFLAGS           = -ansi -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread
         CXXDEBUGFLAGS      = -g
         CXXOPTIMFLAGS      = -O -DNDEBUG
         CXXLIBS            = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    FC                    = g95
->    FC flags:
         FFLAGS             = -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer
         FDEBUGFLAGS        = -g
         FOPTIMFLAGS        = -O
         FLIBS              = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm
         arguments          =  -DMX_COMPAT_32
->    LD                    = gcc44
->    Link flags:
         LDFLAGS            = -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp
         LDDEBUGFLAGS       = -g
         LDOPTIMFLAGS       = -O
         LDEXTENSION        = .mexa64
         arguments          = 
->    LDCXX                 = 
->    Link flags:
         LDCXXFLAGS         = 
         LDCXXDEBUGFLAGS    = 
         LDCXXOPTIMFLAGS    = 
         LDCXXEXTENSION     = 
         arguments          = 
----------------------------------------------------------------


Warning: You are using gcc version "4.4.4".  The version
         currently supported with MEX is "4.3.4".
         For a list of currently supported compilers see: 
         http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release/

-> gcc44 -c  -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial  -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG  "mex_cvode.c"

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp -o  "mex_cvode.mexa64"  mex_cvode.o  -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

mex_cvode.o: In function `mexFunction':
mex_cvode.c:(.text+0x2b2): undefined reference to `N_VNew_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x2db): undefined reference to `N_VNew_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x35b): undefined reference to `CVodeCreate'
mex_cvode.c:(.text+0x39c): undefined reference to `CVodeInit'
mex_cvode.c:(.text+0x3dd): undefined reference to `CVodeSVtolerances'
mex_cvode.c:(.text+0x412): undefined reference to `CVodeSetUserData'
mex_cvode.c:(.text+0x449): undefined reference to `CVDense'
mex_cvode.c:(.text+0x482): undefined reference to `CVDlsSetDenseJacFn'
mex_cvode.c:(.text+0x50c): undefined reference to `CVode'
mex_cvode.c:(.text+0x5b4): undefined reference to `N_VDestroy_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x5c0): undefined reference to `N_VDestroy_Serial'
mex_cvode.c:(.text+0x5cc): undefined reference to `CVodeFree'
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed.

??? Error using ==> mex at 208
Unable to complete successfully.

Каким-то образом я 'Я не даю правильные флаги для ссылки соответственно.Поскольку я получаю тот же набор ошибок (плюс еще несколько), если я удаляю команды для ссылки в команде gcc44, я почти уверен, что не получаю компилятор для «просмотра» библиотек.

Мои вопросы:

  • Если мой анализ ошибки верен, какие флаги мне нужно передать команде компиляции mex для успешной компоновки?
  • Кроме того, каковы флаги gcc для компиляции и компоновки вне среды Matlab для компиляции исполняемого файла .mex64?
  • Если мой анализ неверен, куда идти?

Я думаю, что я исключил предупреждение о неподдерживаемом компиляторе, так как я смог скомпилировать простой mex с программами OpenMP, используя gcc 4.4, но они не должны были ссылаться ни на что, кроме математической библиотеки.Кроме того, если я компилирую с версией gcc версии 4.1.2 или 4.3.4 с или без флагов "-fopenmp", я получаю ту же ошибку.

В конце мне нужна версия 4.4 из-за определенной поддержки OpenMPэто не появлялось в предыдущих версиях.

Заранее спасибо за помощь.

- Андрей

Правки: (@KWATFORD)

Так что япопробовал команду с операторами вне кавычек, и получил ошибку: 

-> gcc44 -c  -I/home/matteson/sundials/include/ -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE  -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -fopenmp  -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG  "mex_cvode.c"

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmp -o  "mex_cvode.mexa64"  mex_cvode.o  -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

/usr/bin/ld: /home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a(cvode.o): relocation R_X86_64_32 against `a local symbol' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed.

??? Error using ==> mex at 208
Unable to complete successfully.

Я немного запутался в предложении перекомпилировать с "-fPIC", потому что когда я смотрю на команду gcc44, ясмотрите опцию -fPIC в качестве опции.

Они говорят, что перекомпилируют библиотеку с -fPIC?

У меня нет источника для библиотеки, если предлагается перекомпилировать библиотекуЕсть ли обходной путь?

Что означает «перемещение по локальному объекту»?

Мои постоянные благодарности.

Ответы [ 3 ]

5 голосов
/ 07 февраля 2011

Старайтесь не помещать аргументы -l, -L или -I в эти переменные среды. Функция mex будет обрабатывать эти типы аргументов напрямую. Так что, возможно, что-то вроде: 

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c
4 голосов
/ 08 февраля 2011

Кватфорд поставил меня на правильный путь со вторым вопросом.Мне удалось заставить команду mex работать, перестроив решатель солнечных часов с общими библиотеками.В частности, я построил с: 

% make distclean
% ./configure --prefix=/home/matteson/sundials --enable-shared
% make
% make install

Также, благодаря kwatford за исправление к оригиналу, позвонив: 

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c

, поскольку mex знает, как обрабатывать -L и -I.

0 голосов
/ 07 февраля 2011

Matlab использует свои собственные libstdc и libstdc ++.

Ярлык должен был бы сделать символическую ссылку на эти библиотеки на библиотеки gcc44, которые вы хотите использовать.желаемый путь.Вы можете попытаться скомпилировать внешнюю подсказку matlab и посмотреть, не сработает ли она во-первых.

...