Вы можете в значительной степени запустить все, что захотите, в лазури, так что это не будет проблемой с этой точки зрения. Самая важная вещь, которую нужно помнить, это то, что вы, вероятно, не захотите выполнять такую тяжелую операцию в веб-роли. Рабочая роль гораздо лучше подходит для этого типа задач. Вы можете настроить систему, в которой вы используете очереди Azure для запроса заданий PDF, а рабочая роль читает очередь и запускает эти задания. У вас не должно быть проблем с этим подходом. Чтобы начать, ознакомьтесь с инструментарием Azure: http://azuretoolkit.codeplex.com