SELECT *
FROM file_repo fr
JOIN files f
ON f.id =
(
SELECT id
FROM files fi
WHERE fi.repo_id = fr.id
ORDER BY
repo_id DESC, level DESC, id DESC
LIMIT 1
)
Создайте индекс для files (repo_id, level, id)
, чтобы он работал быстро.
Это будет правильно обрабатывать дубликаты на level
.