Так что у меня не было времени разобраться, но я создал командный файл, который выполняет сценарий mysql
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/batch-mode.html
, поэтому в командном файле было
cmd /c mysql -h host -u user - p < scirpt_file_in_same_folder_as_batch.sql
Единственная проблема заключалась в том, что mysql должен был быть задан как путь переменной окружения по умолчанию.
Чтобы отменить выполнение скрипта, вы просто не пишете пароль при запросе
надеюсь, что это кому-то поможетесть.