Одним из основных отличий является целевой пользователь. Flash CS традиционно нацелен на дизайнеров, а FlashBuilder нацелен на разработчиков.
Большинство людей в целом согласны с тем, что Flash CS следует использовать для проектирования графических ресурсов, тогда как FB будет использоваться для логики или программирования этих активов.
Обычно считается, что Flash CS отстой как IDE, поэтому программисты склонны использовать другие параметры, такие как FDT, FlashDevelop или Textmate, чтобы назвать несколько, но есть другие варианты.
При этом тип инструментов, предлагаемых обеими платформами, сильно отличается, и один из самых мощных вариантов - просто использовать оба, в зависимости, конечно, от вашего типа проектов.
Например, разработка игр была бы идеальным кандидатом.
Что касается mxml и FlashBuilder, обратите внимание, что это применимо только в том случае, если вы используете платформу Flex. Можно разрабатывать чистые проекты Actionscript с использованием FB, и в этом случае ваш дизайн пользовательского интерфейса может быть выполнен во Flash CS и перенесен в FB с помощью SWC.
Наконец, Adobe значительно упростила рабочий процесс при использовании обеих платформ, он еще не идеален, но прогресс достигнут.