Единственный репозиторий в Subversion - это самая большая единица хранения, которая управляется внутри самой Subversion. Отдельные репозитории - это просто разные каталоги, каждый из которых содержит один репозиторий.
Если у вас уже есть сценарий для резервного копирования одного репозитория, вы можете настроить этот сценарий на использование имени / пути к репозиторию в качестве параметра. Затем вы можете написать скрипт вроде:
#!/bin/sh
for repo in /home/repositories/*; do
backup-single-repository $repo
done