Вы не должны использовать TFSDeleteProject для удаления ветки.Это удалит весь проект.Если вы не имеете в виду, что вы разветвились в другой проект, и это проект, который вы удаляете.
В этом случае TFSDeleteProject пометит весь источник как удаленный в проекте, но не удалит его.из источника контроля.Единственным риском для вас будет, если кто-то сможет объединить все эти удаления в основной проект, что после завершения TFSDeleteProject они не смогут сделать изнутри Проводника исходного кода.