Существует очень подробное руководство здесь от ALM Rangers, которое объясняет различные методы ветвления в TFS.
Если Веб-сайт 1 и Веб-сайт 2 являются связанными приложениями в рамках одного и того же общего решения (не VS-решения) или если существуют какие-либо зависимости между двумя Веб-сайтами, то это (IMO) - лучший подход. Если это два совершенно не связанных проекта с изолированными базами кода, я бы разделил их на два проекта TFS.
Трудно определиться с правильным шаблоном ветвления для кого-то, не зная в полной мере свои бизнес-практики. То, что мы делаем здесь, может не сработать для вас (на самом деле то, что мы делаем, мы, вероятно, не должны).