Утилита sed, потоковый редактор, является инструментом оболочки для этого. Вы можете сделать что-то вроде следующего, чтобы сделать то, что вы просили, соединить file1 и file2, изменить все вхождения от x до y и затем запустить команды с оболочкой bash:
cat file1 file2 | sed -e 's/x/y/g' | bash