Вы можете подумать о переходе на систему сборки, которая управляет зависимостями. Maven изначально поддерживается Netbeans и эффективно решает эти проблемы (у вас есть новые проблемы, но это уже другая история).
Есть и другие, Плющ, Градл, ... но они не так интегрированы в Netbeans.
В pom.xml у вас есть список зависимостей, которые имеют свои зависимости. Maven будет ходить по дереву зависимостей и получать файлы из общедоступного хранилища и сохранять их в своем локальном хранилище. Банки сторонних производителей, которые не являются общедоступными, также могут храниться там, но ваш друг также должен будет добавить их в свой репозиторий. Небольшой скрипт в корневой папке проекта может творить чудеса (или ваш собственный общий репозиторий, но он более тяжелый)
Почти все библиотеки могут быть удалены из папки lib, что уменьшает размер под управлением версией, ускоряя его.
Netbeans, Idea, Eclipse + m2eclipse синхронизируют свои файлы на POM.
Теперь у maven есть бородавки, когда вы пытаетесь делать с ним что-то немного левее того, что, по его мнению, вы должны делать.