Либо вы используете два разных профиля с уникальным идентификатором профиля для их отслеживания (например, UA-123456789-1 для www.primary.com и UA-123456789-2 для www.secondary.com) и убедитесь, что только каждый сайтимеет один из кодов, или вы можете использовать фильтры, основанные на структуре домен / поддомен / каталог, чтобы сделать это (или поддержать его).
Я бы пошел с отдельными кодами отслеживания, поскольку это на сегодняшний деньболее простой выбор.
Пример:
Сайт 1:
<script type="text/javascript">
var _gaq = _gaq || [];
_gaq.push(['_setAccount', 'UA-XXXXX-X']);
_gaq.push(['_trackPageview']);
(function() {
var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;
ga.src = ('https:' == document.location.protocol ? 'https://ssl' : 'http://www') + '.google-analytics.com/ga.js';
var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);
})();
</script>
Сайт 2:
<script type="text/javascript">
var _gaq = _gaq || [];
_gaq.push(['_setAccount', 'UA-XXXXX-Y']);
_gaq.push(['_trackPageview']);
(function() {
var ga = document.createElement('script'); ga.type = 'text/javascript'; ga.async = true;
ga.src = ('https:' == document.location.protocol ? 'https://ssl' : 'http://www') + '.google-analytics.com/ga.js';
var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);
})();
</script>
Обязательно создайте профиль для обоих.