Google Analytics работает почти для всех пользователей (я считаю, что менее 5% отключили JS). У меня было такое же расхождение, в моем случае разница была обнулена, когда я учел ботов (которые часто учитывает статистика на стороне сервера, так как они генерируют http-запросы). Вы, вероятно, имеете ту же "проблему".
Ни одна статистика не является неправильной, они просто считают разные вещи. Google Analytics является более "точным", то есть числа, которые вы хотите посмотреть. Статистика хостинга, которая просматривает только http-запросы, часто без фильтрации, менее интересна.