Большинство провайдеров контроля версий не удаляют папки, когда они удаляются из контроля источников. Есть исключения, но я не верю, что это стандартное поведение. Если это так, вы можете сделать следующее, чтобы обойти проблему
- Из проводника переименуйте каталог и добавьте расширение .backup
- Удалить папку из контроля исходного кода. Так как он переименован, его нельзя удалить, потому что источник не может найти его
- Переименуйте папку обратно к исходному имени.