У меня была такая же проблема, и это было связано с несколькими установками Cygwin.
Проверьте ссылку (значок), по которой вы щелкаете, чтобы запустить терминал. В случае, если он не указывает на каталог вашей обновленной установки cygwin, у вас неправильная установка cygwin. При обновлении дважды проверьте местоположение cygwin и запустите именно этот экземпляр cygwin.