Я не могу проверить его на Cygwin, но в Unix работает следующее:
convert -density 50 -antialias -colors 128 -background white -normalize -units PixelsPerInch -quality 100 /path/to/eps/test.eps test.jpg
Возможно, вам придется использовать обратную косую черту для пути к файлу в Windows
$ convert "\cygdrive\e\pdf\B313.eps" "\cygdrive\e\macro\B313.JPG"
И попробуйте с абсолютными путями, такими как c: \ path \ ...
Имейте в виду, что есть другая команда конвертирования под окнами, которая конвертирует между файловыми системами. Возможно, вызывается не тот.