Мне немного неясно ваш вопрос, но, судя по всему, проблема, которую вы представляете, заключается в том, что при наведении мыши на элемент меню в IE7 раздел меню скрывается за другими элементами.(скрытый div меню отображается через функцию jQuery slideToggle)
Похоже, вы включили z-index для скрытых div, но не указали z-index для другихэлементы, которые предполагается перекрывать.IE7 может неправильно разрешать наложение элементов с неопределенным z-индексом на элементы меню.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Добавьте в свой CSS это:
#menu-spacer{z-index:489;}
#main-body{z-index:489;}