CLR не может напрямую загружать модули, которые не содержат манифеста. Таким образом, вы не можете сделать сборку полностью приватной, если не хотите, чтобы она была выгружаемой;)
Однако, как отметил Марк, вы можете использовать инструменты запутывания, чтобы скрыть те части, которые вы хотели бы сохранить по-настоящему внутренними.
Очень плохо, что ключевое слово внутреннее не исключает эти метаданные
РЕДАКТИРОВАТЬ: похоже этот вопрос тесно связан