Чтобы выяснить, распознает ли Emacs ваш ключ Alt вообще: введите C-h c, а затем комбинацию клавиш, начинающуюся с Alt, например, Alt-F.
Если он говорит «M-f runs the command forward-word» (например), то Emacs считает ваш ключ Alt также мета-ключом, и все, что вы связываете с Meta, будет работать как с ключом Windows, так и с ключом Alt, поэтому это не значит, что клавиша Alt работает иначе, чем клавиша Windows.
Если он говорит «Hyper f is undefined» или «Super f is undefined» (например), тогда Emacs распознает вашу клавишу Alt как Hyper или Super соответственно, и вы можете связывать команды с сочетаниями клавиш, начиная с Hyper или Super, и они будут работать с вашей клавишей Alt.
Если он вообще не реагирует, то это означает, что он не распознает клавишу Alt как что-либо, и вы ничего не можете сделать из Emacs: Emacs даже не получает ключ. В этом случае, как сказал другой ответ, вы должны найти эквивалент xmodmap для Windows - это как-то связано с реестром; раздел часто задаваемых вопросов по GNU Emacs для Windows на Как поменять местами CapsLock и Control? содержит некоторые важные сведения об этом ("Scancode); также см. эту страницу .