[Исправленная опечатка]
Еще одно простое решение:
ri, ci = A.argmin()//A.shape[1], A.argmin()%A.shape[1]
Поскольку numpy.argmin возвращает показание индекса в главном порядке строк
Да,Вы правы, это была опечатка, которая работала на квадратную матрицу