Единица кода, используемая инструментами покрытия кода (как NCover, так и VSTS), - это точка последовательности, найденная в PDB (темно-красная часть кода, выделенная при установке точки останова во время отладки).
Таким образом, если у вас нет сгенерированных файлов PDB, у вас не будет метрик покрытия кода.
Чтобы ответить на ваш вопрос, у вас могут быть показатели покрытия кода в режиме Release, если вы генерируете файлы PDB (сам не тестировал, но уверен, что на 95% уверен)
У вас не будет проблем с такими вещами, как встроенный компилятор, которые происходят во время компиляции IL -> asm во время выполнения, выполняемой компилятором CLR Just in Time.