Прежде всего, если вы хотите построить ферму ссылок, Google заблокирует вас быстрее, чем вы сможете моргнуть.Я бы серьезно пересмотрел использование iframes для ссылок, так как в описанной вами ситуации у вас нет причин загружать другую страницу в первую очередь.
Чтобы ответить на ваш вопрос, iframes загружает страницу на другую, так что, естественно, Googleбудет рассматривать их как отдельные объекты.