Вы можете использовать команду Team Foundation Server Destroy . Эта команда доступна только в командной строке, потому что ее следует использовать редко. Обычно вы просто хотите удалить его из проекта и на всякий случай иметь историю, но в вашей ситуации постоянное удаление кажется нормальным. Я бы посоветовал вам сделать резервную копию репозитория, прежде чем запускать его, просто для безопасности.
tf destroy [/keephistory] <itemspec1>[;<versionspec>][<itemspec2>...<itemspecN>]
[/stopat:<versionspec>] [/preview] [/startcleanup] [/noprompt] [/silent] [/login:username,[password]] [/collection:TeamProjectCollectionUrl]]