Мы используем TFS 2008, и я обнаружил, что по умолчанию файлы резарпера не добавляются, поэтому, если вы явно не выбираете их в Source Control Explorer
при выполнении проверки, у вас не должно быть никаких проблем.
Папка resharper будет начинаться с подчеркивания (например, _Resharper YourProject
), и я считаю, что TFS знает, что игнорировать эти папки.