Панель, на которую вы ссылаетесь, является панелью GNOME. Так что это вопрос GNOME, а не вопрос GTK.
В GNOME не существует четко определенной концепции "многооконного приложения", о которой я знаю. Список задач панели, вероятно, создается путем запроса менеджера окон для получения списка окон и группировки окон по их свойству "class".
Существуют также различные подсказки менеджера окон, которые необходимо учитывать, например, чтобы игнорировать панели и другие служебные окна. На вашем месте я бы посмотрел исходный код апплета панели задач. Возможно, где-то есть документация, которая описывает статус-кво, но я знаю, где это будет.