Вам нужно либо предоставить пространствам имен некоторую документацию, либо установить для EXTRACT_ALL значение YES.
Пример:
$ mkdir test-dir
$ cd test-dir
$ echo 'namespace test {}' > test.hpp
$ doxygen -g # generate default config file
(output)
$ grep -P '^(EXTRACT_ALL|SHOW_NAMESPACES)' Doxyfile # show default settings
EXTRACT_ALL = NO
SHOW_NAMESPACES = YES
$ doxygen # generate docs
(output)
Теперь откройте html / index.html, там не будет вкладкой пространства имен. Это то, что вы видите.
$ sed -i '/^EXTRACT_ALL/s/NO/YES/' Doxyfile # change setting
$ grep -P '^(EXTRACT_ALL|SHOW_NAMESPACES)' Doxyfile # show change
EXTRACT_ALL = YES
SHOW_NAMESPACES = YES
$ doxygen
(output)
Теперь откройте html / index.html, там будет вкладка пространства имен.
Протестировано с доксигеном 1.6.3.