Боюсь, нет.Но вам не нужно импортировать класс, чтобы использовать его: просто укажите один из классов по его полному имени, например
javax.jdo.Query query = getJDOQuery();
query.doSomething();
Затем вы можете импортировать другой без коллизий имен.
КстатиИногда, если вы начинаете получать множество таких имен, таких коллизий в вашем классе, это тонкий совет для рефакторинга: разделение функциональности одного большого класса между несколькими маленькими.