Попробуйте использовать пространство имен для каждого проекта, над которым вы работаете. Например, вместо написания функции с именем dosomething (), назовите ее myproject.dosomething ()
Таким образом, это зависит от проекта, и вы избежите использования двух функций с одинаковыми именами, даже если вы включаете файлы, которые не разрабатывали сами.