См. BackupAndMigration на Вики Jackrabbit для списка вариантов.
Я бы порекомендовал использовать экспорт XML (системное представление), так как это самое простое решение. Кроме того, поскольку он является частью стандарта JCR, он должен работать и в других реализациях JCR.
Обратите внимание, что у этого подхода есть один недостаток: в настоящее время невозможно повторно импортировать полный экспорт, т.е. из корневого узла и включая подузел jcr: system, который содержит хранилище версий, поскольку часть jcr: system и особенно хранилище версий недоступны для записи (это в основном потому, что JCR не указывает, как импортировать версии). Вот некоторые объяснения в списке рассылки Jackrabbit.