Вы можете добавить sed
команды для редактирования Doxyfile
на месте сразу после его генерации:
sed -i '/UML_LOOK.*=/s/^.*$/UML_LOOK = YES/' Doxyfile
sed -i '/GENERATE_TREEVIEW.*=/s/^.*$/GENERATE_TREEVIEW = YES/' Doxyfile
И если вам не нужен вывод LaTeX, вы можете изменить опцию GENERATE_LATEX таким же образомспособ вместо удаления каталога латекса впоследствии.