Читать этот раздел документации Apple. Папка Documents/ автоматически резервируется. Если вы не хотите, чтобы файл был заархивирован, вам нужно поместить его в Library/Caches/ или tmp/.
Вы не можете изменить поведение приложений, если у вас нет исходного кода приложения.