У меня нет практического опыта работы с Synapse, но, глядя на код (магистраль sourceforge), у вас все будет хорошо, если вы явно не вызываете метод Dele (который отображается на команду DELE POP3). Кажется, что ни один из других методов не удаляет сообщения, включая List и Retr.
Как именно вы получаете эти сообщения? Не могли бы вы показать код?