Выполнить 2 команды. Одна, где вы выводите список всех таблиц, для которых вы хотите создать полный дамп, другая, где вы записываете только определение таблицы
#structure only
mysqldump -d -q mydb table1 table2 table3
#all data too
mysqldump -q mydb table4 table5 table6