Если вы используете MySQL (и, возможно, другие) и включили бинарное ведение журналов, вы можете подумать о создании git-репо для каталога вашего бинарного журнала и разработке стратегии регулярной фиксации обновлений в бинлоге.
В MySQL binlog хранит запросы, которые изменяют данные для любых таблиц в базе данных. Если вы синхронизируете свои коммиты с обычными дампами базы данных, у вас должен быть версионный способ восстановления данных.
Честно говоря, я думаю, что просто использование нативных инструментов MySQL, вероятно, было бы лучшим решением, но то, что я здесь изложил, дает вам версионность ваших данных MySQL, что, как я думаю, вы и сделали в первую очередь.