«Грубым, но эффективным» способом может быть полное обновление, а затем Удаление командных проектов , которые вам не нужны на новом сервере.
Тем не менее, вы должны быть в состоянии выполнить большую часть того, что вы хотите (с некоторыми ограничениями), используя утилиту TFS to TFS Migration на CodePlex. Возможно, вы захотите прочитать обсуждения - у некоторых людей возникли проблемы с ветками - вам нужно убедиться, что ваши сопоставления правильные.