В настоящее время codeigniter не имеет полностью поддерживаемого модульного тестирования. Если вы используете репозиторий github, то есть ветка, над которой работает сообщество, чтобы добавить phpunit в ядро. Я бы предложил клонировать этот репозиторий и начать с него.