Самое простое, что нужно сделать, - это сделать копию вашего репозитория CVS, а затем (в копии) переместить каталоги так, как вы хотите, чтобы они оказались в конечном репозитории Subversion. Затем преобразуйте в один проект , указав cvs2svn на соответствующий каталог в переставленном репозитории. E.g.:
mkdir $CVSCOPY/proj
mv $CVSCOPY/path/to/module1 $CVSCOPY/proj/module1
mv $CVSCOPY/another/path/to/module2 $CVSCOPY/proj/module2
cvs2svn [OPTIONS] $CVSCOPY/proj
(Если ваши подмодули уже упорядочены нужным образом, копирование и реорганизация могут даже не потребоваться.)