После некоторого исследования я обнаружил, что потрепал сам. проблема заключалась в том, что я использовал следующий метод для установки источника данных MediaPlayer:
inputStream = manager.openFd(fileName).createInputStream();
player.setDataSource(inputStream.getFD());
Это просто вызов setDataSource(fd, 0, 0x7ffffffffffffffL);
с передачей минимального смещения и этой произвольной длины, в результате чего все звуки воспроизводятся полностью.
При использовании следующего кода все работало нормально:
AssetFileDescriptor descriptor = manager.openFd(fileName);
long start = descriptor.getStartOffset();
long end = descriptor.getLength();
player.setDataSource(descriptor.getFileDescriptor(), start,end);