JPA не / не будет убивать хранимые процедуры. Вы можете использовать их обоих в своем приложении. Сказать, что JPA убил хранимые процедуры, все равно что сказать, что JPA убил SQL. Обычный SQL-код по-прежнему остается лучшим выбором для некоторых частей ваших приложений. Даже если это приложение в основном использует JPA.