Subversion чувствителен к регистру. Если вы скажете, что храните 20 файлов с разными комбинациями регистра, он сохранит его. Теперь, когда вы извлекаете эти файлы из хранилища, платформа, на которой вы работаете, может либо предупредить вас, отказаться от проверки (как это было в вашем случае), либо просто перезаписать содержимое первого файла, записанного вторым, в-третьих, вы поняли идею.
Чтобы решить эту проблему, ответ zerkms находится на правильном пути. Удалите воспроизведение файла, который вам не нужен, с помощью браузера репозитория или какого-либо инструмента (при необходимости, командной строки), который работает непосредственно с репозиторием на сервере.
Чтобы это не повторилось, используйте сценарий case-insensitive.py из проекта Subversion в своем сценарии ловушки перед фиксацией. Он проверит, есть ли уже файл в репозитории с другим случаем, когда коммит добавляет файл. Если это так, это позволит вам отклонить коммит, пока он не будет решен.
Поскольку у вас есть стороннее хранилище вашего хранилища Subversion, свяжитесь с ним, чтобы применить этот хук, если вы не можете использовать его инструменты управления.