ОБНОВЛЕНИЕ Авг 2017:
Этот очень хороший ответ теперь выглядит устаревшим. Пожалуйста, также прочитайте другие ответы в "ветке" для нескольких различных "опций начальной загрузки".
Пакет MSI, созданный Wix, не может этого сделать. Установщик Windows довольно ограничен, и одному файлу MSI (вашему установщику) запрещено вызывать другой файл MSI (установщику .NET Framework).
Вам нужно будет создать так называемый загрузчик (файл setup.exe), который сможет проверять наличие указанных предварительных требований, загружать и устанавливать их по мере необходимости, а затем запускать программу установки MSI.
Одним из способов создания загрузчика является использование Visual Studio или задачи MSBuild GenerateBootstrapper. Вот ссылка, дающая более подробную информацию:
http://wix.mindcapers.com/wiki/Bootstrapper
Если вы хотите предоставить своим пользователям только один установщик, вы можете создать самонадувающийся установочный пакет, содержащий как файл setup.exe, так и ваш MSI-пакет. Вы можете сделать это с iexpress , который идет с Windows.
Вот еще одна ссылка с примером: http://www.clariusconsulting.net/blogs/pga/comments/42831.aspx