Вы правы, предполагая, что cPanel берет на себя много вещей и автоматически генерирует определенные конфиги. Честно говоря, я понятия не имею, что он делает с конфигами виртуальных хостов, но у меня есть недавний опыт в других областях, который имеет тенденцию подтверждать ваши подозрения:
Итак, чтобы проиллюстрировать ... cPanel поставляется с Rails 2.3.5. На странице cPanel GemSet вы можете видеть Rails 3.0.6 как доступные и даже позволяющие установить его через cPanel или SSH / BASH. Это вообще не приводит к сообщению об ошибке (фактически, cPanel сама сообщает об этом как об установленном), но команда rails --version в SSH / BASH все еще показывает версию 2.3.5. После некоторых исследований на форумах cPanel я обнаружил, что это связано с тем, что cPanel жестко задан для поддержки Mongrel, а Mongrel не поддерживает Rails после версии 2.3.8. По словам одного из их модераторов, они ищут возможное решение для пассажиров, но оно все еще находится на ранних стадиях кодирования и еще через несколько месяцев.
Итак, хотя я понимаю, что мой пример не отвечает конкретно на ваш вопрос о виртуальных хостах, я думаю, что это подтверждает обоснованность вашего подозрения, что cPanel переопределяет определенные настройки и может даже быть жестко запрограммирован способами, которые не сразу прозрачны. ..