Вероятно, это связано с тем, что ваша ссылка содержит относительный URL, например:
<a href="blogs.php">Blogs</a>
Так что она ищет файл blogs.php в текущем каталоге.Чтобы эта ссылка указывала на файл blogs.php, который находится в папке new_cms, вам необходимо использовать такую ссылку:
<a href="/new_cms/blogs.php">Blogs</a>