Вы путаете Msbuild и .NET Framework.
Msbuild - это просто инструмент для создания проектов .NET. Версия 4.0 требуется для создания проектов .NET 4, но она также может делать .NET 1.1, 2.0, 3.0, 3.5, 3.5 SP1. Это похоже на использование Word 2010 для открытия файла Word 2003. 2010 откроет оба, но 2003 рухнет, если вы дадите ему файл 2010
В примерах вашего кода показаны различные компоненты, добавленные в платформу в версии 4.0. Вы не можете выполнить код .NET 4 на компьютере, на котором не установлена платформа .NET 4.0. Неважно, что его строит, среда выполнения не сможет понять CLR и не запустит
Что касается самой msBuild:
MsBuild 4.0 - это новая версия, в значительной степени обновленная для поддержки .NET 4, но также с собственными функциями. Обратитесь к примечаниям к выпуску msbuild4, если вам нужны эти подробности.
Тем не менее, MsBuild 4 полностью способна производить вывод .NET 3.5, если targetFramework правильно настроен. (Мы перенесли все наши сборки на MsBuild 4.0 задолго до того, как обновили все проекты до платформы .NET 4)