Почему тот факт, что WinMo поддерживает их, предполагает, что CE 5.0 будет? Вы должны понимать, что CE - это модульная ОС, большая часть которой написана OEM-платформой. OEM-платформа для WinMo - это команда WinMo. Команда WinMo, вероятно, написала поддержку самостоятельно и добавила ее в свою платформу, как и все элементы пользовательского интерфейса в WinMo, которых нет в vanilla CE.
Исторически Microsoft стремится использовать как минимум некоторые функции с платформы WinMo в выпусках CE, которые появляются после (как, например, aygshell, который появился в PPC (на основе CE 3.0 и 4.2) и только после того, как они разработан он был включен в общий CE (5.0).
Было бы целесообразно выяснить, поддерживает ли CE 6.0 сертификаты с подстановочными знаками, и, если да, рассмотреть вопрос о переносе платформы BSP. Если его там нет, вам потребуется написать (или купить) поддержку и добавить ее на свою платформу самостоятельно.