используйте одинарные кавычки, например,
my $cmd = 'export PATH=$PATH:/library/directory/here';
system($cmd);
В качестве альтернативы вы можете создать bash-скрипт, который экспортирует переменную PATH.
Вы также можете использовать полный путь к скрипту, который вы пытаетесь вызвать из Perl, вместо того, чтобы вызывать программу только по имени, например. используйте / usr / env / perl вместо perl.