Конечно. eclipse поддерживает связанные исходные папки. Исходные файлы не обязательно должны находиться в папке проекта eclipse.
В java-проекте eclipse выберите Создать -> Папка , затем выберите «Дополнительно» и установите флажок «Ссылка на альтернативное местоположение» (затмение 3.6 может немного отличаться в других версиях затмения). "Обзор", чтобы выбрать исходную папку из проекта netbeans, нажмите Готово.
Теперь вы связали (стандартную) папку с файлами Java внутри проекта netbeans, и изменение этих файлов приведет к их изменению в удаленном месте.
Наконец - щелкните правой кнопкой мыши по этой связанной папке и выберите Путь сборки -> Использовать в качестве исходной папки.
(я оставляю наоборот экспертов по NetBeans)